Pada tanggal 16 Desember 2021, temuan kasus pertama COVID-19 varian Omicron di Indonesia diumumkan secara resmi oleh Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin. Kala itu seorang petugas kebersihan yang bekerja di RSDC Wisma Atlet Kemayoran Jakarta terkonfirmasi Omicron tepat sehari sebelumnya.

Di awal tahun 2022, kasus konfirmasi Omicron di Indonesia semakin bertambah. Tercatat dari data GISAID total kasus konfirmasi Omicron hingga 13 Februari 2022 sebanyak 5.106 kasus. Seiring dengan penyebaran COVID-19 varian Omicron yang cepat, tren kasus COVID-19 di Indonesia terus mengalami peningkatan hingga pertengahan Februari 2022.

Deteksi Dini Varian SARS-CoV-2

Varian SARS-CoV-2 Omicron mulai menjadi varian dominan di Indonesia. Menghadapi fenomena COVID-19 yang terjadi saat ini, Kementerian Kesehatan berupaya meningkatkan pelaksanaan deteksi dini kemunculan varian baru virus SARS-CoV-2.

Seperti yang diketahui, pada dasarnya virus secara alamiah akan terus berubah melalui mekanisme mutasi. Terjadinya mutasi dapat berdampak terhadap penularan, keparahan penyakit, vaksin, pengobatan, dan penanganan kesehatan masyarakat. Oleh karena itu monitoring dan pengawasan harus terus dilakukan terhadap mutasi yang muncul sebagai langkah antisipatif.

Sebelumnya identifikasi mutasi virus SARS-CoV-2 di Indonesia telah dilakukan dengan metode Whole Genome Sequencing (WGS). Namun saat ini pemerintah juga menggencarkan deteksi dini dengan reagen PCR metode SGTF (S-Gene-Target-Failure) yang dinilai mampu memberikan indikasi cepat bahwa kasus yang terkonfirmasi merupakan varian Omicron.

Apa itu WGS dan SGTF?

WGS merupakan proses menentukan urutan DNA lengkap dari genom SARS-CoV2 (±30.000 bp) dengan menggunakan teknologi Next-Generation-Sequencing. Selain digunakan untuk mengidentifikasi varian, WGS dapat pula dimanfaatkan untuk keperluan lain seperti pengembangan vaksin, diagnostik, dan menentukan pola transmisi serta kekerabatan.

Khususnya untuk varian Omicron, terdapat posisi mutasi khas yaitu delesi asam amino gen S posisi 69/70. Posisi mutasi tersebut bisa dikenali dengan gagalnya deteksi dengan metode PCR. Kondisi tersebut dikenali dengan istilah SGTF (S-Gene-Target-Failure) yang kemudian digunakan oleh WHO sebagai panduan skrining varian/mutasi. Metode SGTF dapat mendeteksi varian genetika lebih cepat jika dibandingkan dengan WGS. Tetapi hanya varian yang sudah diketahui atau varian tertentu seperti Omicron. Sedangkan WGS dapat mengidentifikasi semua mutasi/varian, bahkan yang belum diketahui sebelumnya. Identifikasi Omicron dengan SGTF hanya membutuhkan rentang waktu 4-6 jam setelah pengambilan sampel sementara itu dengan tes WGS membutuhkan waktu paling cepat 3-5 hari. (Ripsidasiona)

Oleh : Ratih Dian Saraswati, M.Biomed

Sejak hadirnya virus Covid-19 pada awal tahun 2020 yang hingga pertengahan tahun 2021 ini belum usai bahkan bertambah buruk dengan munculnya varian baru covid 19, Banyak orang kemudian berharap pada vaksin. Vaksin lah yang mampu meredakan badai Covid yang melanda dunia. Seiring dengan teknologi yang telah teramat maju, proses pembuatan vaksin kini menjadi lebih singkat. Di awal Januari 2021, CDC dan WHO telah menyetujui penggunaan berbagai merk vaksin Covid.

Meski banyak orang berharap agar vaksinasi segera dilakukan, tidak sedikit orang yang meragukan keamanan vaksin yang akan digunakan. Ada beberapa pertanyaan yang sering muncul terkait keamanan vaksin.

Sama seperti halnya berbagai jenis vaksin yang telah umum digunakan, vaksin covid 19 harus melalui serangkaian penelitian yang ketat melalui berbagai uji prekilinis hingga uji klinis yang dilakukan diberbagai wilayah di dunia untuk menjamin keamanan vaksin saat digunakan.

Proses penelitian dan pembuatan vaksin covid 19 diawali dengan riset menggunakan sel serta uji menggunakan hewan coba di laboratorium, biasa dikenal sebagai uji preklinis. Jika hasil pengujian berjalan baik, langkah selanjutnya penelitian penggunaan vaksin pada manusia yang biasa dikenal sebagai uji klinis.

Semua vaksin Covid yang saat ini resmi digunakan diseluruh dunia merupakan vaksin yang lolos berbagai persyaratan uji tadi. Semua vaksin dinyatakan efektif dalam mencegah keparahan penyakit yang disebabkan virus Sars cov 2 selain itu berdasarkan hasil uji klinis dilaporkan sangat sedikit penerima vaksin yang mengalami efek samping akibat vaksinasi.

Apakah yang menyebabkan vaksin harus melewati serangkaian uji tersebut? Bahan apakah yang terdapat didalam vaksin hingga vaksin mampu memberikan perlindungan terhadap serangan virus sekaligus menyebabkan beberapa efek samping?

Bahan bahan yang terdapat didalam vaksin berbeda beda tergantung tipe vaksin namun secara umum, didalam vaksin terdapat

1. Komponen protein virus; potongan kode genetic virus (DNA atau mRNA) atau sejumlah kecil virus yang dimatikan atau dilemahkan
2. Bahan yang digunakan untuk meningkatkan respon imun (adjuvant)
3. Bahan yang digunakan untuk mencegah vaksin terkontaminasi bakteri (pengawet)
4. Larutan isotonis (saline) steril untuk injeksi.

Secara umum vaksin aman digunakan untuk masyarakat, meskipun demikian ada beberapa golongan orang yang sebaiknya tidak di beri vaksin terkait kondisi kesehatannya saat ini. Misalnya orang yang alergi terhadap komponen yang terdapat didalam vaksin, orang yang sedang mengalami sakit parah, orang dengan system imun yang lemah seperti pada penderita HIV serta orang yang memiliki Riwayat penyakit pembekuan darah. Orang orang dengan kondisi tersebut sebaiknya konsultasi dengan dokter terlebih dahulu.

Orang yang telah di vaksinasi, biasanya mengalami efek ringan vaksin seperti sakit di area yang disuntik atau demam dan sedikit merasa lemas. Hal tersebut merupakan reaksi normal, dan merupakan pertanda bahwa tubuh sedang memberikan respon dan membentuk antibodi sesuai dengan yang diharapkan. Namun ada juga orang yang tidak merasakan apapun setelah vaksinasi. Apakah pada orang yang tidak merasakan efek apapun, vaksin tetap dianggap bekerja membentuk antibody? Hasil penelitian yang dilakukan oleh CDC, dan dimuat pada MMWR Weekly Report memperlihatkan tidak ada pengaruhnya antara orang yang merasakan efek ringan vaksin dengan orang yang tidak merasakan apapun. Antibodi tetap terbentuk sesuai dengan fungsi vaksin yang disuntikkan.

Lalu, mengapa, pada sebagian orang vaksin memberi pengaruh ringan hingga berat, dan pada sebagian lagi tidak merasakan efek pasca vaksin.

Vaksin berfungsi untuk melatih tubuh agar mengenali pathogen penyebab penyakit, baik itu virus atau bakteri. Agar dapat bekerja sesuai fungsinya, maka, vaksin dibuat sedemikian rupa agar menyerupai dengan pathogen aslinya (mimic) namun sekaligus aman untuk tubuh. Oleh karena itu, hanya bagian dari pathogen yang digunakan untuk membuat vaksin, misalnya protein nya saja, atau DNA nya saja atau virus utuh keseluruhan namun virus tersebut telah dimatikan. Bagian dari pathogen ini disebut sebagai antigen.

Ketika pertamakali vaksin disuntikkan ke tubuh melalui lengan misalnya, antigen tersebut kemudian dibawa masuk kedalam sel tubuh, lalu di dalam sel tersebut, informasi yang diperoleh diubah menjadi protein virus, lalu kemudian dimunculkan ke permukaan sel. Kemudian sel sel imun secara simultan terlibat hingga akhirnya tubuh membentuk pertahanan terhadap virus. Respon simultan dari sel sel imun ini berlangsung selama beberapa jam atau beberapa hari, dan terkadang menyebabkan gejala demam, atau pembengkakan di area yang disuntik. Proses ini sebenarnya merupakan proses alami yang dirancang oleh tubuh untuk membantu sistem imun bekerja. Sistem imun melakukan komunikasi melalui pembuluh darah, agar pembentukan sistem imun berlangsung lebih cepat, diperlukan pembuluh darah yang lebih lebar itulah mengapa di area suntikan terasa bengkak dan sakit (sinyal inflamasi). Jika sinyal inflamasi yang terbentuk cukup kuat, biasanya disertai demam. Hal ini memicu sistem kekebalan tubuh untuk berespon lebih kuat, menyatakan bahwa demam yang terbentuk perlu diatasi secara sistemik. Gejala gejala ini kemudian akan reda dalam beberapa hari. Hal ini disebabkan respon tubuh setelah vaksinasi hanya sekedar melawan antigen sejumlah yang dimasukkan kedalam tubuh.

Inilah yang membedakan antara vaksinasi dengan infeksi yang diperoleh secara alami. Infeksi alami menyebabkan jumlah virus (antigen) yang masuk kedalam tubuh tidak terukur jumlahnya dan akan terus tumbuh secara eksponensial. Pertumbuhan patogen ini jika tidak sebanding dengan kekuatan sistem imun yang terbentuk, menyebabkan manusia menjadi demam, dan kemudian sakit sebagai efek dari serangan virus.

Efek setelah vaksinasi berbeda pada setiap orang, meski belum begitu jelas alasan yang menjadi penyebabnya, secara umum biasanya wanita, anak-anak serta orang yang pernah terinfeksi merasakan efek lebih kuat pasca vaksinasi. Sementara orang orang dengan sistem imun lemah seperti penderita diabetes dan obesitas, biasanya memiliki respon imun yang lemah meski hal tersebut bukan sebuah kepastian. Belum ada riset yang mengidentifikasi hubungan antara reaksi inflamasi awal dan respons jangka panjang terhadap efek perlindungan dari vaksinasi. Sehingga, seberapa baik kualitas vaksin bekerja didalam tubuh anda tidak dapat diukur dari respon yang anda rasakan. Respon tubuh setelah vaksinasi hanya merupakan respons imun adaptif yang membantu tubuh Anda mendapatkan kekebalan dari vaksin.

Oleh : dr. Lisa Andriani L, M.Biomed

Sejak kemunculannya di penghujung tahun 2019, virus SARS-CoV-2 menjadi agen infeksi yang paling ditakuti dan menimbulkan dampak parah di berbagai sektor. Hal yang ditakuti dari virus ini adalah sifat penyakitnya yang sulit diprediksi oleh klinisi.  Pada beberapa individu, virus ini bahkan tidak menimbulkan gejala, namun pada individu lain dapat mengakibatkan gejala yang parah, gagal nafas dan bahkan kematian. Setelah beberapa bulan berkenalan dengan penyakit COVID-19, baru klinisi dan peneliti mendapatkan informasi beberapa faktor comorbid yang bisa memperparah infeksi virus SARS-CoV-2, antara lain penyakit-penyakit kronis seperti diabetes, hipertensi, penyakit paru-paru kronis, obesitas dan lainnya namun hal tersebut juga tidak sepenuhnya menjawab pertanyaan yang muncul. Kisah-kisah orang yang sudah mendapatkan hasil negatif dari pemeriksaan usap nasofaring atau orofaring, yang tentunya sudah dianggap sembuh dari COVID-19 tapi ternyata justru memburuk dan meninggal pun tentu sering kita baca atau dengar. Jadi sebenarnya bagaimana caranya virus ini menyebabkan penyakit parah atau kematian?

Hingga pertengahan awal November 2021, dalam waktu 1 tahun 11 bulan, sudah tercatat 249.343.498 kasus Covid-19 di seluruh dunia dan menimbulkan kematian sebesar 5.045.077 jiwa (2%). Di Indonesia sendiri, tercatat 4.246.802 kasus hingga 5 November 2021 dengan angka kematian 143.500 (3,4%) jiwa. 

Dari penelitiannya yang menggunakan metode autopsi pada pasien yang meninggal dengan diagnosis COVId-19, Sefer Elezkurtaj dkk dari Jerman melaporkan bahwa umumnya pasien meninggal karena sepsis dan kegagalan fungsi beberapa organ sekaligus. Gejala yang paling banyak didapatkan adalah kegagalan sistem pernafasan. Hasil otopsi juga mendapatkan bahwa ternyata dijumpai ada juga co-infeksi dengan bakteri, terbentuknya sumbatan pada pembuluh darah di paru-paru, kerusakan paru-paru yang luas, gagal jantung, dan ada juga yang dijumpai perdarahan saluran cerna.  Komorbid yang diderita oleh pasien yang meninggal dalam penelitian Elezkurtaj mencakup hipertensi, penyakit jantung atau ginjal kronis dan juga penyakit paru-paru kronis. Pada autopsinya juga didapatkan adanya aterosklerosis di pembuluh darah koroner, pembesaran jantung, kerusakan paru yang berlangsung kronis juga.

Dalam tinjauan ilmiahnya, Himayani dkk menyebutkan bahwa infeksi virus SARS-CoV-2 menimbulkan efek terhadap beberapa organ seperti paru, jantung dan pembuluh darah, ginjal, gastrointestinal, liver, sistem saraf, mata, kulit bahkan ke psikologis pasien. Sebagian besar kasus infeksi SARS-CoV-2 mengalami gagal nafas sehingga harus dibantu dengan ventilator. Pada jaringan paru normal, ternyata 83% sel di paru memiliki reseptor ACE-2 (Angiotensin Converting-Enzyme-2), karena ACE-2 merupakan jalur masuk virus ke dalam sel manusia, maka sel-sel yang memiliki ACE-2 akan menjadi lokasi tempat virus memperbanyak diri. Akibatnya, akan terjadi juga kerusakan sel yang luas dan peradangan. Akibat peradangan dan kerusakan dapat terjadi penumpukan cairan di paru-paru dan mengurangi fungsi paru-paru.

Penyebab utama gangguan jantung pada COVID-19 adalah gangguan pembuluh darah yang menyebabkan terbentuknya plak dan thrombosis, sumbatan dan gangguan pembuluh darah menyebabkan suplai oksigen ke jantung berkurang. Peradangan sistemik yang terjadi sebagai respon badai sitokin juga mengakibatkan peradangan jantung hingga berefek ke gagal jantung atau gangguan irama jantung.  Gangguan pada pembuluh darah yang terjadi dapat juga terjadi pada pembuluh darah di berbagai organ, sehingga menyebabkan organ bersangkutan mengalami iskemia atau turunnya suplai darah dan oksigen ke organ tersebut.

Reseptor ACE-2 juga terdapat di ginjal, sehingga virus SARS-CoV-2 juga dapat menginfeksi sel-sel ginjal. Badai sitokin sebagai reaksi tubuh dapat menyebabkan turunnya suplai oksigen dan nutrisi ke sel ginjal dan berakibat terjadinya Acute Kidney Injury (AKI). Gejala pada saluran gastrointestinal dapat juga disebabkan invasi virus ke sel-sel di saluran pencernaan, umumnya gejala yang timbul adalah mual, muntah, diare, sakit perut, atau hilang nafsu makan. Sering didapatkan juga virus atau fragmen virus pada feses pasien.

Adanya gejala yang terkait dengan sistem saraf juga sering dilaporkan terjadi bersama dengan infeksi SARS-CoV-2, antara lain hilangnya indra penciuman atau perasa, sakit kepala hingga kejang.  Beberapa pasien juga dilaporkan mengalami meningitis dan ensefalitis, menunjukkan invasi virus ke sistem saraf pusat. Badai sitokin yang terjadi juga menyebabkan radang otak dan edema yang dapat menimbulkan kejang. Stroke juga dapat terjadi karena adanya penyumbatan arteri serebral, dimana penyumbatan ini disebabkan karena kondisi darah yang lebih kental dan adanya cedera atau luka pada lapisan endotel pembuluh darah.

Selain pada organ dalam, efek dari infeksi virus SARS-CoV-2 juga dapat mengenai mata atau kulit. Mata sendiri diketahui memiliki reseptor ACE, selain itu mata sendiri menjadi pintu masuk virus ke tubuh.  Adanya konjungtivitis atau mata merah karena radang juga dilaporkan pada sekitar sepertiga pasien rawat inap. Gejala kulit yang sering dialami antara lain berbentuk ruam, urtikaria (bentol-bentol mirip gigitan nyamuk) atau timbul lepuhan kecil berisi cairan mirip cacar air.

Salah satu dasar yang memperkuat dugaan bahwa infeksi virus SARS-CoV-2 tidak hanya berdampak pada pernafasan namun juga memiliki dampak pada pembuluh darah adalah penelitian yang dilaporkan bulan Oktober lalu, Rauti dkk melaporkan bahwa protein-protein dari virus SARS-CoV-2 menimbulkan gangguan fungsi endotel (lapisan terdalam dari struktur pembuluh darah), jadi memang banyak bukti klinis mendukung bahwa COVID-19 merupakan penyakit yang juga mengganggu fungsi peredaran darah sehingga berdampak pada banyak organ, ditopang protein spike virus yang mampu menginfeksi berbagai organ tubuh selama sel dari organ tersebut memiliki reseptor ACE-2 yang tersebar juga di berbagai organ tubuh.

DAFTAR PUSTAKA

1. Efek Infeksi Virus SARS-CoV-2 pada Organ. Himayani R dkk. Medula. April 2021:11(1): 43-47
2. Rauti R et al. Effect of SARS-Co-V-2 proteins on vascular permeability. eLife 2021;10:e69314
3. https://covid19.go.id/
4. https://www.worldometers.info/coronavirus/
5. Elezkurtaj, S., Greuel, S., Ihlow, J. et al. Causes of death and comorbidities in hospitalized patients with COVID-19. Sci Rep 11, 4263 (2021).

Catatan :

1. Sepsis  : suatu kondisi adanya respon peradangan menyeluruh yang dipicu penyebaran infeksi (agen penyakit maupun toksinnya) melalui aliran darah, berpotensi mengancam jiwa, dan ditandai adanya demam, menggigil, nafas dan denyut nadi yang cepat, penurunan tekanan darah, hingga gagal fungsi organ.
2. Badai sitokin : terjadinya pelepasan sitokin (sejenis protein yang dihasilkan sel , terutama sel imun, dan memiliki fungsi mengatur atau mempengaruhi sistem imun selain merupakan media komunikasi antar sel) yang tidak terkontrol dari tubuh karena respon sistem imun yang berlebihan.